创立时期
墨尔本大学的建立很大程度归功于因维多利亚淘金潮而迅速发展的地区经历。最早建设这所大学目的是给极速增长的新移民人口提供获得教育的机会。
1年11月4日，维多利亚殖民地的审计长和财政部长Hugh Childers在其第一份财政预算里留出£10,000，准备为殖民地建立一所大学。
1年，墨尔本大学成立，设立艺术、医学、法律、音乐等传统学科。政府于同年拨款£20,000用来进行校区的基础建设，并每年为学校留出£9000的经费，用来进行学校的教学和科研活动。
1年7月3日，墨尔本大学与维多利亚州图书馆于同一天奠基。
1年，墨尔本大学正式授课。最初，学校由三名教授和十六名学生组成，在这十六个学生中，最终只有四名成功的完成了学位，并顺利毕业。维多利亚殖民地总督Charles Hotham爵士于1年10月3日正式参与了学校的揭幕典礼。第一任校校监由Redmond Barry出任（后来的雷德蒙爵士），雷德蒙爵士在这个位置上一直任职直到去世。[9]
发展时期
早期，学校的教授们热衷于经典文学和哲学这类欧洲传统学科的研究与授课，而墨尔本居民们则表示他们更需要那些符合城市建设发展的大背景所需要的课程，最终居民们的意见获得了采纳。
1年，墨尔本法学院正式开课。
1年，墨尔本工程学院（现墨尔本工程与信息技术学院）和医学院正式开课。
上述三大学院，无一不成为了墨尔本大学此后扬名世界的中流砥柱。
1年，墨尔本大学开始招收女性学生，对于当时保守的校董事会来说这极为不易，是一个巨大胜利。
19世纪末至20世纪初，墨尔本大学的声誉和规模都获得了可观的增长，但是关于学校未来的方向问题，学校内部却也产生了很多争论，最后在皇家委员会的推荐下，学校建立了新的资金管理结构，并开设了新的学科比如农学和教育学。
第一次世界大战中，学校的管理权引发了争论。
1923年，由更多商人组成而非教授的理事会获得了实权。值得一提的是，校理事会也包含两名经过选拔的本科学生担任理事会职位。在这个时期，墨尔本大学录取的学生更多来源于社会的富裕家庭，而获得奖学金的贫困学生则数量很少，成为了名副其实的贵族大学。在这个时期，负责学校管理的置业经纪人式的校长也第一次被引入到了学校的管理模式。
1936年，第一任校长雷蒙德·普理斯特利（Raymond Priestley）被任命。约翰·梅德利（John Medley）则在1939年被任命为下一任校长。
第二次世界大战后，因为获得联邦赞助的学生数量大大增加，墨尔本大学也顺应时代逐渐改变了以往贵族学校的传统，而开始招收更多来自于平民家庭的学生，因此迎来了大学的第二个高速发展期。墨尔本大学采取的发展政策是均衡发展，几乎在所有的学科都取得了很高的声望。
19，墨尔本大学的Graeme Clark教授设计了世界上第一个仿生耳，并进行了世界第一次多通道商业耳蜗植入。
200“墨尔本模式”诞生，反映了“由广泛、自由的本科教育引入专业化、职业化的硕士学习和研究性学位”这一教育体系的世界趋势。
200在泰晤士高等教育世界大学学科排名中，墨尔本大学所有学科均位列世界前30，全澳第1。
2013年，墨尔本大学迎来160周年校庆。